2006年のポケモントレインも山手線で運行。全体のデザイン構成は昨年のものに準じているが、ヘッドマークの装飾及び先頭車両で向き合うポケモンがゴンベからマナフィに変更されているほか、床面のラッピングが海底をイメージした内容に変化している等の違いが確認できる。