ポケモントレインは2007年も山手線での運行。2005,06年に行なわれた床面へのラッピングが廃止されたほか、前面ヘッドマークの装飾もこの年はなかった(翌年は復活)。
映画10周年に伴い、Yahoo!きっず内のポケモン特集2007でポケモントレインのデザイン投票を6月19日(火)から29日(金)まで実施。下記の候補のうち、投票によって3番目の「みんな大好き!ポケモン大集合バージョン」のデザインがトウ544編成にラッピングされた。 以降、デザインの事前投票は2010年まで継続された。
投票実施時のデザイン案候補は次の通り。