[福岡エリア]
古賀/香椎/博多(ポケセンフクオカ)(G)/南福岡/新鳥栖/長者原
ピカチュウ、ドリュウズ、フリージオ、タブンネ、チャオブー、ヤナップ
[北九州エリア]
門司港/小倉(G)/黒崎/直方/下曽根/行橋/九州鉄道記念館(シークレットポイント・※)
キバゴ、キュレム、バニプッチ、コバルオン、イワパレス、ケルディオ、?
[長崎エリア]
長崎(G)/道ノ尾/長与/喜々津/諫早/大村
ハーデリア、ズルッグ、ミジュマル、ガントル、ビリジオン、ブラックキュレム
[大分エリア]
亀川/別府/大分(G)/鶴崎/向之原/大分大学前
ツタージャ、エモンガ、マッギョ、レパルダス、テラキオン、ホワイトキュレム
[熊本エリア]
上熊本/熊本(G)/宇土/新八代/水前寺/光の森
メロエッタ(ボイスフォルム)、コダック、ゼニガメ、ニャース、グレッグル、チコリータ
[鹿児島エリア]
伊集院/鹿児島中央(G)/鹿児島/隼人/国分/谷山
メロエッタ(ステップフォルム)、ポッチャマ、アチャモ、ワニノコ、トゲピー、フシギダネ
<第2ステージ>
指宿/阿蘇/由布院/ハウステンボス/宮崎
例年と同様、九州新幹線の800系を対象にポケモンラッピングの車両が運行される予定となっている。当初はラッピングに破損が生じたことで装飾が中止されていたものの、7月29日に運転を再開した。
なお、この年は第1ステージに配置されるポケモンがエリア単位でのみの公表となり、設置駅との組み合わせは非公開扱いに変更されている。また、7月に発生した九州北部豪雨による豊肥本線の不通(阿蘇駅への列車到達が困難、ただし同駅へのスタンプは設置継続)に伴い、第2ステージの全駅達成条件が5駅中4駅に変更する措置が7月26日にとられた。
このほか、第2ステージの設置駅に向かう(ただし、上記災害に伴う一部列車の発着駅の変更あり)観光特急(ゆふいんの森、あそぼーい!、指宿のたまて箱、海幸山幸、ハウステンボス)に乗車した際、小学生以下を対象に「ポケモンオリジナルステッカー」の配布を行なっている。