<第1ステージ>((G)…ゴール駅)
同一エリア内のチェックポイント駅(5駅)とゴール駅(1駅)を巡る。
■ 福岡エリア
古賀:ニャース/香椎:ハヤシガメ/南福岡:ガブリアス
鳥栖:ワニノコ/長者原:ミュウツー/博多(G):ピカチュウ
■ 北九州エリア
門司港:ドータクン/黒崎:ミミロル/折尾:モウカザル
下曽根:ルギア/行橋:マネネ/小倉(G):ギラティナ
■ 長崎エリア
浦上:グレッグル/長与:チコリータ/諫早:パチリス
大村:マンムー/竹松:デオキシス/長崎(G):パルキア
■ 大分エリア
杵築:ピンプク/豊後豊岡:ラティアス/別府:ブイゼル
鶴崎:マスキッパ/臼杵:ハブネーク/大分(G):ディアルガ
■ 熊本エリア
玉名:ジラーチ/宇土:マナフィ/新八代:ミュウ
水前寺:ナエトル/光の森:ウソッキー/熊本(G):アルセウス
■ 鹿児島エリア
川内:ムクホーク/串木野:エンテイ/伊集院:ライボルト
鹿児島:グライオン/隼人:ヒノアラシ/鹿児島中央(G):ギザみみピチュー
■ 宮崎エリア
高鍋:メガヤンマ/佐土原:ラティオス/南宮崎:セレビィ
清武:ヨノワール/都城:ソーナンス/宮崎(G):ヒードラン
<第2ステージ>
ハウステンボス:シェイミ(ランド)/湯布院:ポッチャマ/人吉:ダークライ/宮地:ルカリオ
■ 第1ステージ達成
・JR九州オリジナルサマーバッグ(合計30,000個) ※エリアによりデザインが2つに分かれる
・ピカチュウサンバイザー(ポケセンフクオカ持参、(株)ポケモン提供)
■ 第2ステージのうちいずれか1駅分押印
・JR九州オリジナルペンケース(各駅1,000個×4駅)
■ 第2ステージの全4駅押印(要郵送)
・オリジナル認定証(漏れなく)
・おっきなぬいぐるみギザみみピチュー(抽選・50名)
スタンプラリー開催期間中、九州新幹線「つばめ」用の800系1編成にポケモンラッピングが施されている。
■ ポケモンラッピングトレイン
運行期間:7月18日(土)〜8月31日(月)
使用編成:800系U004編成
運行スケジュールは公式ホームページで公開される。また、ラッピング新幹線に乗車したお子様にはオリジナルポストカードが配布される模様。
なお、ラッピング車両の呼称について、当初はJR九州公式の一部で「ポケモンつばめ」という表記があったが、後に「ポケモンラッピングトレイン」に統一されている。
福岡都市圏におけるポケモンラリーの開催は、前年に福岡市交通局で行なわれたため2年連続になるが、JR九州としての実施は初となり、JRグループ中では東日本、西日本、北海道に続く4社目である。
第1ステージとして九州全土に設定された主要都市圏の6駅(ゴール駅含む)を押印した後、第2ステージのスタンプ設置駅である観光列車の発着駅や観光地の最寄り駅に出かける形である。なお、スタンプラリー開催に伴う1日乗車券は「ポケモンスタンプラリー乗り放題きっぷ」として、第1ステージの各エリアとも大人2,000円、小人1,000円で発売される。
イベントの名称について、開催発表では社名や年数がつかない「ポケモンスタンプラリー」が用いられているが、JR九州内の案内ページや第1ステージの景品にあるロゴマークおよびスタンプ中の印影では「JR九州 ポケモンスタンプラリー2009夏!」と表記されている。